Διαφορά μεταξύ CDNA και γονιδιωματικής βιβλιοθήκης | cDNA εναντίον γενετικής ϋΝΑ Βιβλιοθήκης
Διαφορά κλειδιού - cDNA εναντίον γονιδιωματικής βιβλιοθήκης
Υπάρχουν δύο κύριοι τύποι βιβλιοθηκών DNA που κατασκευάζονται από επιστήμονες χρησιμοποιώντας τεχνικές γενετικής μηχανικής. Αυτά είναι βιβλιοθήκη cDNA και βιβλιοθήκη γονιδιώματος. Η διαφορά κλειδιού μεταξύ του cDNA και της γονιδιωματικής βιβλιοθήκης είναι ότι η βιβλιοθήκη cDNA περιέχει το κλωνοποιημένο συμπληρωματικό DNA του ολικού mRNA ενός οργανισμού ενώ η βιβλιοθήκη γονιδιωματικού ϋΝΑ περιέχει τα κλωνοποιημένα θραύσματα ολόκληρου του γονιδιώματος ενός οργανισμού. Η βιβλιοθήκη γονιδιωματικού ϋΝΑ είναι μεγαλύτερη από τη βιβλιοθήκη cDNA.
ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ
1. Επισκόπηση και διαφορά κλειδιού
2. Τι είναι η Βιβλιοθήκη cDNA
3. Τι είναι η Genomic Library
4. Σύγκριση μεταξύ των πλευρών - cDNA vs γονιδιωματική βιβλιοθήκη
5. Περίληψη
Τι είναι μια Genomic Βιβλιοθήκη;
Μια βιβλιοθήκη γονιδιωματικού DNA είναι μια συλλογή από κλώνους που φέρουν τα θραύσματα του συνολικού γονιδιωματικού DNA ενός οργανισμού. Περιέχει ολόκληρο το γονιδιωματικό DNA αυτού του οργανισμού, συμπεριλαμβανομένων των ακολουθιών κωδικοποίησης και μη κωδικοποίησης. Η κατασκευή μιας γονιδιωματικής βιβλιοθήκης πραγματοποιείται με την τεχνολογία ανασυνδυασμένου ϋΝΑ ακολουθούμενη από κλωνοποίηση (γενετική μηχανική). Υπάρχουν διάφορα βήματα που εμπλέκονται στην κατασκευή όπως φαίνεται στο σχήμα 01. Η διαδικασία ξεκινά με τη γονιδιακή απομόνωση του DNA. Χρησιμοποιώντας ένα κατάλληλο πρωτόκολλο εκχύλισης DNA, πρέπει να απομονωθεί το ολικό γονιδιωματικό DNA ενός οργανισμού. Στη συνέχεια, το DNA θα πρέπει να μετατραπεί σε διαχειρίσιμα μεγέθη ή στα συγκεκριμένα θραύσματα με ενδονουκλεάσες περιορισμού (ένζυμα κοπής DNA). Το τεμαχισμένο ϋΝΑ θα πρέπει να εισάγεται σε φορείς χρησιμοποιώντας ϋΝΑ λιγάσες (ένζυμα που ενώνουν το DNA). Ο φορέας είναι ένας αυτοαναπαραγόμενος οργανισμός. Τα πλασμίδια και οι βακτηριοφάγοι είναι συνήθως χρησιμοποιούμενοι φορείς στην τεχνολογία ανασυνδυασμένου ϋΝΑ. Αυτοί οι συνδεμένοι φορείς είναι γνωστοί ως μόρια ανασυνδυασμένου ϋΝΑ αφού φέρουν τόσο δικές όσο και εισαχθείσες αλληλουχίες ϋΝΑ. Ανασυνδυασμένοι φορείς προστίθενται σε ένα βακτηρίδιο ξενιστή και φτιάχνονται για την πρόσληψη των ανασυνδυασμένων φορέων μέσα στο βακτηριακό κύτταρο. Τα βακτηρίδια με ανασυνδυασμένους φορείς (πλασμίδια) θα πρέπει να αναπτυχθούν σε μέσο καλλιέργειας. Κατά τη διάρκεια του βακτηριακού πολλαπλασιασμού, το βακτηριακό ϋΝΑ, μαζί με τα ανασυνδυασμένα πλασμίδια, αναδιπλασιάζουν τα γονιδιώματα τους και παράγουν κλώνους. Αυτοί οι κλώνοι περιέχουν ολόκληρο το γονιδίωμα του οργανισμού προέλευσης. Ως εκ τούτου, ονομάζεται γονιδιωματική βιβλιοθήκη. Τα πλασμίδια μπορούν εύκολα να διαχωριστούν από το βακτηριακό χρωμοσωμικό DNA για να κατασκευαστεί η γονιδιωματική βιβλιοθήκη αυτού του οργανισμού. Εάν ένας συγκεκριμένος οργανισμός περιέχει ενδιαφέροντα γονίδια, είναι εύκολο να τον ανιχνεύσει στη γονιδιωματική βιβλιοθήκη με υβριδισμό χρησιμοποιώντας μοριακούς ανιχνευτές (δείκτες).
Οι γονιδιωματικές βιβλιοθήκες είναι σημαντικές για τη μελέτη της γονιδιωματικής δομής και λειτουργίας, των συγκεκριμένων γονιδίων, της γονιδιακής θέσης, της γονιδιακής χαρτογράφησης, των μεταλλάξεων, της αλληλουχίας των γονιδίων, της ταυτοποίησης νέων θεραπευτικών γονιδίων κτλ.Εικόνα_1: γονιδιωματική βιβλιοθήκη
Μια βιβλιοθήκη cDNA είναι μια συλλογή συμπληρωματικών κλώνων DNA (cDNA) που συντέθηκαν από το ολικό mRNA ενός οργανισμού. Η διαδικασία κατασκευής περιλαμβάνει διαφορετικά βήματα. Ο καθαρισμός του ολικού mRNA από έναν οργανισμό είναι το πρώτο βήμα που εμπλέκεται. Απομονωμένο mRNA μετατρέπεται σε κλώνους cDNA με μια διαδικασία που ονομάζεται αντίστροφη μεταγραφή. Η αντίστροφη μεταγραφή διευκολύνεται από ένα ένζυμο που ονομάζεται αντίστροφη μεταγραφάση. Χρησιμοποιεί ένα μικρό 3 'εναρκτήριο μόριο και ξεκινά τη σύνθεση του πρώτου κλώνου cDNA συμπληρωματικού προς τον κλώνο του mRNA εκμαγείου. Τα προκύπτοντα δίκλωνο cDNA μετατρέπονται σε μικρότερα θραύσματα χρησιμοποιώντας ενδονουκλεάσες περιορισμού και εισάγονται σε κατάλληλους φορείς. Αυτά τα κατασκευασμένα ανασυνδυασμένα μόρια στη συνέχεια προστίθενται σε έναν ξενιστή οργανισμό και αναπτύσσονται σε ένα μέσο καλλιέργειας για να παράγουν κλώνους. Η συλλογή κλώνων που περιέχουν θραύσματα cDNA ενός οργανισμού είναι γνωστή ως βιβλιοθήκη cDNA. Πλήρως τεμαχισμένο ώριμο mRNA δεν περιέχει εσώνια και ρυθμιστικές περιοχές. Συνεπώς, μη-κωδικεύοντα θραύσματα δεν υπάρχουν σε βιβλιοθήκες cDNA αντίθετα από μια γενωμική βιβλιοθήκη.
Οι βιβλιοθήκες cDNA είναι σημαντικές για την ανάλυση περιοχών κωδικοποίησης, γονιδιακών λειτουργιών, έκφρασης γονιδίων κτλ.
Εικόνα 2: Κατασκευή βιβλιοθήκης cDNA
Ποια είναι η διαφορά μεταξύ cDNA και Genomic Library;
- άρθρο diff Μέσο πριν από τον πίνακα ->
cDNA εναντίον γονιδιωματικής βιβλιοθήκης
Η βιβλιοθήκη cDNA είναι μια συλλογή των κλώνων που φέρουν το συμπληρωματικό DNA στο mRNA ενός οργανισμού |
|
| Η γονιδιωματική βιβλιοθήκη είναι μια συλλογή των κλώνων που φέρουν το συνολικό γονιδιωματικό DNA ενός οργανισμού. | Αλληλουχίες κωδικοποίησης έναντι μη κωδικοποίησης |
| Η βιβλιοθήκη cDNA περιέχει μόνο τις αλληλουχίες κωδικοποίησης. δεν περιέχει εσώνια. | |
| Η γονιδιωματική βιβλιοθήκη αποτελείται από ολόκληρο το γονιδιωματικό ϋΝΑ που περιλαμβάνει μη κωδικοποιητικό (εσώνιο και ρυθμιστικό) ϋΝΑ. | Μέγεθος |
| Η βιβλιοθήκη cDNA είναι μικρή. | |
| Η γενετική βιβλιοθήκη είναι μεγάλη. | Αρχικό υλικό |
| Το αρχικό υλικό είναι mRNA | |
| Το υλικό έναρξης είναι DNA. | Συμμετοχή της Αντίστροφης Μεταγραφής. |
| Η αντίστροφη μεταγραφή συμβαίνει στην πρώτη σύνθεση κλώνου cDNA. | |
| Η αντίστροφη μεταγραφή δεν συμβαίνει. | Περίληψη - cDNA και γονιδιωματική βιβλιοθήκη |
Η γονιδιωματική βιβλιοθήκη αντιπροσωπεύει πληθυσμό κλώνων που φέρουν το τεμαχισμένο ολικό γονιδιωματικό DNA ενός οργανισμού. Η βιβλιοθήκη cDNA αντιπροσωπεύει τον πληθυσμό κλώνων που φέρουν συμπληρωματικό ϋΝΑ του ολικού mRNA ενός οργανισμού. Ένας κλώνος cDNA περιέχει μόνο τις αλληλουχίες που βρίσκονται στο mRNA, ενώ ο γονιδιωματικός κλώνος περιέχει τις αλληλουχίες ολόκληρου του γονιδιώματος. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ cDNA και γονιδιωματικής βιβλιοθήκης.
Αναφορά:
1. Haneef, Deena T KochunniJazir. "Διαφορά μεταξύ βιβλιοθήκης γονιδιώματος και cDNA. "Διαφορά μεταξύ βιβλιοθήκης γονιδιώματος και cDNA. Ν. Ρ., n. ρε. Ιστός. 15 Φεβ.2017
2. Stekel, Dov J., Yoav Git και Francesco Falciani. "Η σύγκριση της έκφρασης γονιδίων από πολλαπλές βιβλιοθήκες cDNA. "Genome Research. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Δεκ. 2000. Web. 16 Φεβρουαρίου 2017
3. "Οθόνες γονιδιωματικής βιβλιοθήκης για γονίδια που εμπλέκονται σε ανοχή η-βουτανόλης σε Escherichia coli. "Οθόνες γονιδιωματικής βιβλιοθήκης για γονίδια που εμπλέκονται σε ανοχή η-βουτανόλης σε Escherichia coli. Ν. Ρ., n. ρε. Ιστός. 16 Φεβρουαρίου 2017
Ευγένεια εικόνας:
1. "Δημιουργία βιβλιοθήκης cDNA" από το PhD Dre στην αγγλική γλώσσα Wikipedia (CC BY-SA 3. 0) μέσω Wikimedia Commons
2. "Κατασκευή γονιδιωματικής βιβλιοθήκης" Από Aluquette - Η δική του δουλειά (CC BY-SA 3. 0) μέσω Wikimedia Commons
