Διαφορά μεταξύ SiRNA και shRNA | shRNA vs siRNA

shRNA vs siRNA

Κατά τη διαδικασία της RNA παρεμβολής (RNAi), η έκφραση ενός γονιδίου στόχου χτυπηθεί με υψηλή ειδικότητα και εκλεκτικότητα. Το RNAi είναι μια φυσική διαδικασία και περιλαμβάνει μικρό παρεμβαλλόμενο RNA (siRNA) και κοντό RNA φουρκέτας (shRNA) και δι-λειτουργικό shRNA. Επί του παρόντος, το RNAi χρησιμοποιείται ευρέως ως εργαλείο εξατομικευμένης θεραπείας του καρκίνου. Οι εφαρμογές του RNAi βασικά γίνονται με τα χημικώς συντιθέμενα δίκλωνοs siRNA και με βάση τον φορέα shRNA μόρια. Αν και αυτά τα δύο μόρια έχουν παρόμοια λειτουργικά αποτελέσματα, διαφέρουν στη δομή τους. Έτσι, οι μοριακοί μηχανισμοί δράσης, οι οδοί RNA και οι επιπτώσεις εκτός των στόχων αυτών των δύο μορίων διαφέρουν επίσης.

ShRNA shRNA είναι μια αλληλουχία μικρού μορίου RNA που κάνει μια σφιχτή στροφή της φουρκέτας που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να σιωπά μια έκφραση γονιδίου στόχου κατά τη διάρκεια του RNAi. Η έκφραση του shRNA επιτυγχάνεται με ένα φορέα, ο οποίος μπορεί να είναι είτε ένας ιός είτε ένα βακτήριο ή με απελευθέρωση πλασμιδίων. Συντίθενται στον πυρήνα των κυττάρων και μεταφέρονται στο κυτταρόπλασμα για περαιτέρω διαδικασίες. Αυτά τα μόρια έχουν παρόμοιες οδούς ωρίμανσης του miRNA. οπότε η σύνθεση του miRNA έχει δώσει τις βάσεις για την κατανόηση της σύνθεσης shRNA. Είτε η RNA πολυμεράση II ή III μπορεί να μεταγράψει shRNA μέσω υποκινητών RNA πολυμεράσης II ή III. Το πλεονέκτημα της χρήσης των shRNAs είναι ότι έχουν σχετικά χαμηλό ρυθμό υποβάθμισης και κύκλου εργασιών. Το μειονέκτημα είναι ότι χρειάζεται ένα φορέα έκφρασης, ο οποίος μπορεί να προκαλέσει ορισμένα προβλήματα ασφάλειας.

Τα siRNAs είναι δίκυκλα μόρια RNA αποτελούμενα από 20 έως 25 ζεύγη βάσεων. Αυτά χρησιμοποιούνται για την καταστολή γονιδίων με τη σίγαση οποιουδήποτε γονιδίου με συμπληρωματική αλληλουχία νουκλεοτιδίων στην οδό RNAi. Η καταστροφή γονιδίων με διαμόλυνση του siRNA είναι συχνά ανεπιτυχής λόγω του παροδικού αποτελέσματος. ειδικά σε ταχέως διαιρούμενα κύτταρα και η καταστολή δεν διαρκεί περισσότερο. Για να ξεπεραστεί αυτό το ζήτημα, το siRNA τροποποιείται με την εισαγωγή μιας σύντομης δομής φουρκέτας. Αυτό το τροποποιημένο μόριο είναι τότε γνωστό ως shRNA. Το shRNA θα πρέπει να μετατραπεί σε siRNA από ένα Dicer προκειμένου να προχωρήσει η κανονική του λειτουργία.

Ποια είναι η διαφορά μεταξύ του shRNA και του siRNA;

• Σε αντίθεση με το siRNA, το shRNA έχει μια επιπλέον δομή φουρκέτας. Το shRNA είναι μια τροποποιημένη έκδοση του siRNA.

• Το shRNA απαιτεί ένα φορέα έκφρασης, ενώ το siRNA δεν το κάνει.

• Το shRNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί για μακροχρόνιο knockdown, ενώ το siRNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί μόνο για βραχυπρόθεσμο knockdown γονιδίων.

• Σε αντίθεση με την καταστολή γονιδίων του siRNA, η καταστολή του shRNA είναι μακράς διαρκείας και εάν εισάγεται μέσω ενός κατάλληλου ιικού φορέα, μπορεί να προκαλέσει μόνιμες επιπτώσεις σίγασης γονιδίων.

• Το Dicer απαιτείται να μετατρέψει το shRNA πίσω στο μόριο siRNA για να εκτελέσει τις κανονικές του λειτουργίες.