Διαφορά μεταξύ Exome και Transcriptome | Exome vs Transcriptome

Διαφορά κλειδιού - Exome vs Transcriptome

Ένα γονίδιο περιέχει περιοχές κωδικοποίησης και μη κωδικοποίησης μέσα σε αυτό. Οι αλληλουχίες κωδικοποίησης είναι γνωστές ως εξόνια και οι μη κωδικοποιητικές αλληλουχίες είναι γνωστές ως ιντρόνια. Η αλληλουχία νουκλεοτιδίων των εξονίων ενός γονιδίου αντιπροσωπεύει τον γενετικό κώδικα του γονιδίου για τη σύνθεση της συγκεκριμένης πρωτεΐνης. Ως εκ τούτου, τα εξόνια παραμένουν στο μόριο mRNA. Η συνολική περιοχή εξωνίου του γονιδιώματος είναι γνωστή ως εξώμη και είναι ένα σημαντικό μέρος του γονιδιώματος. Ο γενετικός κώδικας των γονιδίων μετατρέπεται στον γενετικό κώδικα του μορίου mRNA, που απαιτείται για την παραγωγή πρωτεΐνης. Το σύνολο των μορίων mRNA που μεταγράφονται σε ένα κύτταρο ή σε έναν πληθυσμό κυττάρων κάθε φορά είναι γνωστό ως ένα μεταγραφικό μόριο. Η βασική διαφορά μεταξύ του εξωμικού και του μεταγραφόμετρου είναι ότι το

εξώμη αντιπροσωπεύει τις αλληλουχίες των περιοχών εξωνίου του γονιδιώματος ενώ το μεταγραφικό αντιπροσωπεύει το συνολικό mRNA ενός κυττάρου ή ενός ιστού σε δεδομένο χρόνο.

ΠΕΡΙΕΧΟΜΕΝΑ

1. Επισκόπηση και διαφορά κλειδιού

2. Τι είναι το Exome

3. Τι είναι το Transcriptome

4. Σύγκριση μεταξύ τους - Exome vs Transcriptome

5. Περίληψη

Τι είναι το Exome;

Τα γονίδια αποτελούνται από εξόνια, εσώνια και ρυθμιστικές ακολουθίες. Τα εξόνια είναι οι γονιδιακές περιοχές που μεταγράφονται στην αλληλουχία mRNA κατά τη διάρκεια της μεταγραφής. Τα ιντρόνια και άλλες μη κωδικοποιητικές περιοχές αφαιρούνται κατά τη διάρκεια της μεταγραφής. Η νουκλεοτιδική αλληλουχία των εξονίων προσδιορίζει τον γενετικό κώδικα του γονιδίου που συνθέτει την ειδική πρωτεΐνη που κωδικοποιεί. Μόνο τα εξόνια παραμένουν εντός του mRNA μιας πρωτεΐνης. Η συλλογή των εξονίων στο γονιδίωμα είναι γνωστή ως εξώμα ενός οργανισμού. Αντιπροσωπεύει ένα μέρος του γονιδιώματος που εκφράζεται σε γονίδια. Στον άνθρωπο, το exome ανέρχεται σε 1% από το γονιδίωμα. Είναι το τμήμα που κωδικοποιεί πρωτεΐνη του ανθρώπινου γονιδιώματος.

Εικόνα 01: Exome

Τι είναι το Transcriptome;

Το μεταγραφικό είναι η συλλογή όλων των μεταγραφών κωδικοποίησης πρωτεϊνών και μη κωδικοποίησης (RNAs) σε έναν δεδομένο ιστό. Το μεταγραφικό μόριο αντιπροσωπεύει τη συλλογή των συνολικών μορίων mRNA που εκφράζονται από τα γονίδια σε ένα κύτταρο ή ιστό. Το μεταγραφικό ενός κυττάρου μπορεί να μεταβάλλεται με το μεταγραφικό άλλου τύπου κυττάρου. Το μεταγραφικό είναι επίσης δυναμικό - αλλάζει με το χρόνο σε απόκριση τόσο σε εσωτερικά όσο και σε εξωτερικά ερεθίσματα. Ακόμη και στον ίδιο ιστό ή στον ίδιο τύπο κυττάρου, το μεταγραφικό μπορεί να αλλάξει μετά από μερικά λεπτά.

Το transcriptome διαφέρει από τον εξώμη ενός οργανισμού. Το μεταγραφικό μόριο περιλαμβάνει μόνο τις εκφρασμένες αλληλουχίες εξόμων.Αν και ο εξωμός ενός κυττάρου παραμένει ο ίδιος, το μεταγραφικό μόριο διαφέρει μεταξύ των κυττάρων αφού η έκφραση γονιδίου δεν είναι ίδια για όλα τα κύτταρα ή τους ιστούς. Μόνο βασικά γονίδια εκφράζονται σε διαφορετικά κύτταρα και ιστούς. Η έκφραση του γονιδίου είναι μια διαδικασία συγκεκριμένου τύπου ιστού ή κυττάρου. Ρυθμίζεται από διάφορους παράγοντες, συμπεριλαμβανομένων περιβαλλοντικών παραγόντων. Επομένως, το μεταγραφικό μπορεί να ποικίλει ανάλογα με τις εξωτερικές περιβαλλοντικές συνθήκες.

Το transcriptome χρησιμοποιείται ως πρόδρομος για τις μελέτες της πρωτεϊνωματικής. Όλες οι πρωτεΐνες προέρχονται από αλληλουχίες mRNA. Μεταβολικές τροποποιήσεις μπορεί να έχουν ως αποτέλεσμα αλλαγές στις πρωτεΐνες. Ωστόσο, το transcriptome παρέχει σημαντικές βασικές πληροφορίες για τις πρωτεϊνωματικές μελέτες.

Εικόνα 02: Μεταγραφικό των εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων

Ποια είναι η διαφορά μεταξύ Exome και Transcriptome;

- diff Άρθρο Μέση πριν από τον πίνακα ->

Exome εναντίον transcriptome

Exome είναι η συλλογή πρωτεϊνικής περιοχής κωδικοποίησης των γονιδίων.
Το μεταγραφικό είναι η συλλογή όλων των μεταγραφέντων RNA που περιλαμβάνουν το mRNA.	Δείγμα
Το Exome μελετάται χρησιμοποιώντας δείγμα DNA.
Μελετάται το transcriptome χρησιμοποιώντας ένα δείγμα RNA.	Μέθοδος Μελέτης
Η αλληλουχία ολόκληρου του εξωμού είναι η μέθοδος μελέτης του εξωμού.
Η ανάλυση αλληλουχίας RNA είναι η μέθοδος μελέτης του μεταγραφόμετρου.	Περίληψη - Exome vs Transcriptome

Οι εξόνες είναι οι κωδικοποιητικές αλληλουχίες των γονιδίων και προσδιορίζονται οι αλληλουχίες mRNA των πρωτεϊνών. Η συλλογή αυτών των ακολουθιών κωδικοποίησης (εξώνια) είναι γνωστή ως εξώμη ενός οργανισμού. Τα γονίδια μεταγράφονται σε μόρια mRNA πριν από την παρασκευή πρωτεϊνών. Τα συνολικά μόρια mRNA ενός κυττάρου ή ενός ιστού σε οποιονδήποτε δεδομένο χρόνο είναι γνωστά ως μεταγραφικό. Το transcriptome αντιπροσωπεύει τα γονίδια που εκφράζονται ενεργά σε mRNA σε οποιαδήποτε δεδομένη στιγμή. Το μεταγραφικό είναι ειδικό για κύτταρα και ιστούς και επηρεάζει τις περιβαλλοντικές συνθήκες. Αυτή είναι η διαφορά μεταξύ exome και transcriptome.

Αναφορές:

1. Sarah et al, "Στοχευμένη σύλληψη και μαζική παράλληλη ακολουθία δώδεκα ανθρώπινων εξωμίων. " Φύση. Εθνική Βιβλιοθήκη Ιατρικής του Ηνωμένου Βασιλείου, 10 Σεπτεμβρίου 2009. Web. 01 Απρ. 2017

2. Mutz et αϊ. "Ανάλυση μεταγραφικού χρησιμοποιώντας αλληλουχία επόμενης γενιάς. "Elsevier: Εντοπιστής άρθρου. Ν. Ρ., Σεπτέμβριος 2012. Web. 01 Απρ. 2017

Ευγένεια εικόνας:

1. "Το μεταγραφικό των πολυδύναμων κυττάρων" Με Grskovic, Μ. And Ramalho-Santos, Μ., The pluripotent transcriptome (10 Οκτωβρίου 2008), StemBook, ed. Η ερευνητική κοινότητα βλαστικών κυττάρων, StemBook, δύο / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, // www. stembook. org. - [1] DirectStemBook Εικόνα 2 Το μεταγραφικό των πολυδύναμων κυττάρων. Grskovic, Μ. And Ramalho-Santos, Μ., The pluripotent transcriptome (10 Οκτωβρίου 2008), StemBook, ed. Η ερευνητική κοινότητα βλαστικών κυττάρων, StemBook, δύο / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, (CC BY 3. 0) μέσω Wikimedia Commons