Διαφορά μεταξύ Blast και Fasta
Blast vs Fasta
Τα Blast και Fasta είναι δύο λογισμικά που χρησιμοποιούνται για να συγκρίνουν βιολογικές αλληλουχίες DNA, οξέα, πρωτεΐνες και νουκλεοτίδια διαφορετικών ειδών και αναζητήστε τις ομοιότητες. Αυτοί οι αλγόριθμοι έγιναν με γνώμονα την ταχύτητα δεδομένου ότι καθώς η τράπεζα δεδομένων των αλληλουχιών διογκώθηκε μόλις το DNA απομονώθηκε στο εργαστήριο από τους επιστήμονες στα μέσα της δεκαετίας του 1980, προέκυψε η ανάγκη να συγκριθούν και να βρεθούν πανομοιότυπα γονίδια για περαιτέρω έρευνα με μεγάλη ταχύτητα. Το Blast είναι ένα αρκτικόλεξο για το Basic Local Alignment Tool και χρησιμοποιεί τοπική προσέγγιση για τη σύγκριση των δύο ακολουθιών. Το Fasta είναι ένα λογισμικό γνωστό ως Γρήγορο Α όπου το Α αντιπροσωπεύει όλους, επειδή λειτουργεί με το αλφάβητο όπως Fast A για αλληλούχιση DNA και Fast P για πρωτεΐνες. Τόσο το Blast όσο και το Fasta είναι πολύ γρήγοροι κατά τη σύγκριση οποιασδήποτε βάσης δεδομένων γονιδιώματος και συνεπώς είναι πολύ βιώσιμοι οικονομικά καθώς και για εξοικονόμηση χρόνου.
Blast
Ένα από τα πιο ευρέως χρησιμοποιούμενα λογισμικά βιοπληροφορικής Blast αναπτύχθηκε το 1990 και έκτοτε είναι διαθέσιμο σε όλους τους χώρους του NCBI. Αυτό το λογισμικό μπορεί να προσεγγιστεί από οποιονδήποτε και μπορεί να τροποποιηθεί ανάλογα με τις ανάγκες. Το Blast είναι το λογισμικό στο οποίο τα δεδομένα εισόδου μιας αλληλουχίας που πρόκειται να συγκριθεί είναι σε μορφή Fasta και τα δεδομένα εξόδου μπορούν να ληφθούν σε απλό κείμενο, HTML ή XML. Το Blast λειτουργεί με βάση την αρχή της αναζήτησης τοπικών ομοιοτήτων μεταξύ των δύο αλληλουχιών και μετά από σύντομη λίστα των παρόμοιων ακολουθιών που αναζητά ομοιότητες γειτονιάς. Το λογισμικό αναζητά μεγάλο αριθμό παρόμοιων τοπικών περιοχών και δίνει το αποτέλεσμα μετά την επίτευξη μιας κατώτατης τιμής. Αυτή η διαδικασία διαφέρει από το παλαιότερο λογισμικό στο οποίο αναζητήθηκε και συγκρίθηκε ολόκληρη η ακολουθία η οποία χρειάστηκε πολύ χρόνο. Το Blast χρησιμοποιείται για πολλούς σκοπούς όπως η χαρτογράφηση DNA, συγκρίνοντας δύο ταυτόσημα γονίδια σε διαφορετικά είδη, δημιουργώντας φυλογενετικό δέντρο.
Το πρόγραμμα Fasta γράφτηκε το 1985 για τη σύγκριση των αλληλουχιών πρωτεϊνών μόνο αλλά αργότερα τροποποιήθηκε για να πραγματοποιήσει αναζητήσεις στο DNA επίσης. Το λογισμικό Fasta χρησιμοποιεί την αρχή της στατιστικής ανεύρεσης της ομοιότητας μεταξύ των δύο αλληλουχιών. Αυτό το λογισμικό ταιριάζει με μία αλληλουχία ϋΝΑ ή πρωτεΐνης με την άλλη με τοπική μέθοδο ευθυγράμμισης αλληλουχίας. Αναζητά την τοπική περιοχή για ομοιότητα και όχι την καλύτερη αντιστοιχία μεταξύ δύο ακολουθιών. Δεδομένου ότι αυτό το λογισμικό συγκρίνει τις τοπικές ομοιότητες μερικές φορές μπορεί να καταλήξει σε μια αναντιστοιχία. Σε μια σειρά Fasta παίρνει ένα μικρό μέρος γνωστό ως k-πλειάδες όπου η πλειάδα μπορεί να είναι από 1 έως 6 και ταιριάζει με k-πλειάδες άλλης αλληλουχίας και μόλις επιτευχθεί μια τιμή κατωφλίου αντιστοίχισης έρχεται με το αποτέλεσμα. Πρόκειται για ένα πρόγραμμα που χρησιμοποιείται για τον καθορισμό των προοπτικών της αντιστοίχισης αλληλουχίας από έναν μεγάλο αριθμό για πλήρη σύγκριση καθώς είναι πολύ γρήγορο.Εν συντομία:
Blast vs Fasta